V júni 1919 sa Československá republika ocitla v najvážnejšej kríze od svojho vzniku. Útok Maďarskej republiky rád, snažiacej sa o obnovu veľkého Uhorska, priniesol obsadenie viacerých slovenských miest, vrátane Košíc. Situáciu v strednej Európe napokon musela vyriešiť prebiehajúca Parížska mierová konferencia.

Prakticky v rovnakom čase došlo k výmene velenia v československej armáde. Talianskych dôstojníkov nahradila francúzska vojenská misia. Došlo k rozdeleniu frontu na dva úseky – západný a východný. Centrom východnej skupiny boli Košice a velil tu generál Hennocque. Západnému úseku velil generál Eugene Mittelhauser. Spadal pod neho dunajský úsek a ipeľský úsek. V rámci ipeľského úseku operovala lučenecká skupina pod vedením známeho legionára, plukovníka Josefa Šnejdárka.

Dohromady bolo na Slovensku v tomto čase 30.000 československých vojakov, útočiacich Maďarov bolo trikrát viac. Nový hlavný veliteľ československej armády generál Maurice Pellé sa snažil v prvom rade pozdvihnúť bojovú morálku jednotiek, no rozvinul aj diplomatickú aktivitu. Keďže na Parížskej mierovej konferencii sa o situácii na Slovensku veľa nevedelo, žiadal o rázny zahraničný vojenský zásah voči Maďarsku.



Maďarský útok začal v úseku Štúrovo – Tornaľa, s postupom v troch smeroch na Nové Zámky, Levice a Zvolen. Silným maďarským jednotkám sa už v priebehu 31. mája podarilo prelomiť obranu na Dunaji pri Štúrove a 1. júna obsadiť Nové Zámky. Cestu na západ, do Komárna, sa však čs. légiám podarilo udržať. Ďalší silný maďarský útok prekročil Ipeľ, postupoval prakticky bez boja a 1. júna maďarské jednotky vnikli do Levíc.

Iné jednotky Červenej armády obsadili Šahy a za podpory zboľševizovaného miestneho obyvateľstva aj všetky prechody cez rieku Ipeľ. Maďari 2. júna zahnali čs. jednotky severne od Lučenca. Minister Šrobár vyhlásil 5. júna 1919 na Slovensku vojenskú diktatúru. Došlo k ďalším bojom a 6. júna bol dobytý Zvolen. Plukovník Šnejdárek stiahol svoje jednotky na líniu Kremnica – Banská Bystrica. Tu jeho vojaci zaujali výhodnú obrannú pozíciu a 8. júna za cenu veľkých strát zabránili maďarskému útoku pri Badíne. Tým sa natrvalo podarilo udržať cestu na Banskú Bystricu a prekonať najvážnejšiu krízu.

Československé jednotky boli nútené ustúpiť aj na východnom úseku. Úspešný maďarský postup údolím riek Slaná a Hornád vyústil 6. júna do obsadenia Košíc. Časť čs. vojska bola nútená ustúpiť smerom na Užhorod a už 8. júna sa Maďarom podarilo obsadiť Michalovce, 9. júna prenikli do Humenného, Vranova nad Topľou, Prešova a o deň neskôr obsadili Bardejov. Tým sa vážne priblížili k poľským hraniciam, čo aktivizovalo poľskú armádu v snahe obsadiť (pre poľskú stranu sporné) oblasti na Orave a Spiši. Dňa 16. júna bola v Prešove vyhlásená Slovenská republika rád, bábkový štát maďarských komunistov, ktorý mal spochybniť československú jednotu.



Boje pokračovali aj na západe. Čs. jednotky podnikli 7. júna úspešnú protiofenzívu a obsadili Nové Zámky. Na strednom Slovensku bola 10. júna obsadená Banská Štiavnica a 12. júna Zvolen. To už však zasiahla Najvyššia rada mierovej konferencie v Paríži a rozhodla o definitívnych československo-maďarských hraniciach. Maďarská červená armáda mala opustiť územie ČSR do 14 dní. Vodca Maďarskej republiky rád Béla Kun sa rozhodnutiu mierovej konferencie podvolil, no ústup maďarského vojska podmienil novými požiadavkami. Československá strana taktiež pokračovala v boji.

Tri dni po oznámení novej hranice (18. júna) boli boje opäť v plnom prúde. Ich ťažisko sa presunulo na západ, kde maďarská Červená armáda pripravovala silný koncentrovaný útok. Cieľom bolo obsadiť Nové Zámky a Bratislavu, a tým rozhodnúť o osude vojny. Útok na Nové Zámky priniesol Maďarom úspech, možný pád Bratislavy však neprišiel. Československým jednotkám sa podarilo maďarský postup zastaviť. V tomto čase sa už prejavila demoralizácia maďarskej armády. Keď sa maďarskí vojaci dozvedeli o definitívnom určení hraníc a nutnom ústupe, stratili motiváciu ďalej bojovať.



Na vojnu najviac doplatili obyčajní ľudia. Česi a Slováci boli na okupovaných územiach vystavení teroru maďarských boľševických gárd. Hoci sa viacerým, najmä štátnym úradníkom, podarilo ujsť, dochádzalo k rabovaniu a stratám na životoch. Ožilo aj maďarské civilné obyvateľstvo, a to nielen na okupovanom juhu a východe Slovenska. V nádeji, že sa blíži rýchly koniec Československej republiky, niektorí šírili promaďarskú propagandu a útoky maďarskej Červenej armády otvorene podporovali.

K definitívnemu zastaveniu streľby a vyhláseniu prímeria na Slovensku napokon došlo 24. júna. Podmienky odchodu maďarských vojsk zo Slovenska boli prerokovávané od 25. júna v bratislavskej Redute. Podľa dohody začal odsun vojsk 30. júna a do 7. júla obsadila čs. armáda určenú hranicu.